本系上課實施地點原則上大一在基隆校區，大二在馬祖校區與國外，大三大四在基隆校區！

1.建立海洋專業特色教學與研究之頂尖大學 臺灣四周環海，海洋立國不僅是全民共識，更是我國以「海洋興國」為發展的願景。海洋興國必須仰賴全方位的海洋頂尖人才為後盾，國立臺灣海洋大學是正是唯一被國家賦予承擔此重任的高等學府。因此本校在校務發展目標上已清楚定位於「培育具有人文關懷與國際視野之全方位海洋頂尖人才」，並以邁向「世界級頂尖海洋大學」為願景。 自2005年起教育部陸續推動教學卓越計畫與五年五百億邁向頂尖大學計畫，本校均連續獲得補助從未間斷，2015年更再度獲得教育部國立大學校院高階人才專案師資員額計畫的補助。諸多成就不但顯示國家對全方位海洋人才培育的重視之外，更充分證明海洋大學以活力創新的理念致力於海洋特色卓越教學與頂尖研究的辦學成效，展現出為國家辦一所「社會上不可或缺的學校」的旺盛企圖心。 本校乃我國海洋專業特色教學與研究的領航員，以「海洋海事水產」優勢不止獨步全臺，更列為英國泰晤士報高等教育專刊2011-2012世界大學排行榜之全球前四百大名校。

2. 培育海洋工程專業實務人才 馬祖四面環海，具有海洋產業發展性，海大則有優秀的海洋工程師資及設備，因此海洋大學於馬祖設置海洋工程科技系，不僅可提升馬祖當地居民教育程度，更可加強海洋大學於海洋產業研究之實作能力。因此本校具有極高意願與企圖心，於連江縣設置分校。以發展海洋能源為考量，本次籌設之海洋工程科技系之課程規劃，將以「海洋能源與海事工程」為原則，招生員額以30人為原則。馬祖分校招生將與海大校本部結合，總修業時間為四年，第一年學生先於基隆校區研習，第二年至馬祖校區研習，第三、四年再回到基隆校區研習，同時銜接河海工程學系、機械與機電工程學系，以及系統工程與造船學系之專業學習領域。 馬祖現有的學校空間可以作為創立初期的教學場域，並預留預算計畫未來新建一棟教學行政大樓。校園面山背海，緊鄰沙灘，可發展海洋休閒運動遊憩課程，再者與馬祖高中現有資源結合，運用教學實習船進行相關教學活動，也能與現有養殖業及馬祖高中職業相關類科結合，培養海洋牧場經營、海洋觀光導覽人才，期待能為兩岸海洋事業厚植基，更可與對岸連江縣相關漁業產業合作，發展可操作性之產學合作機制。"