「海洋環境資訊系」，旨在培育海洋科學人才、環境監測及資訊應用的科技人才，故大學部專業課程規劃為「海洋科學」與「環境監測」及「資訊科技」三大領域。海洋科學領域關注在近岸物化環境的探討及全球環境變遷造成臺灣鄰近海域之影響；資訊科技領域則擴大資訊相關課程，強調各類海洋數據（如現場觀測、衛星觀測、及數值模擬等資料）的整合及呈現；環境監測領域著重在現場或遙測觀測及觀測儀器的實際運用。

不僅能強化學生電腦資訊能力，增加就業機會的多樣性及競爭力，滿足現代化社會對資訊作業的市場需求，亦能提升進入研究所進行海洋環境知識的研究能力。顧及學生性向的不同，故未硬性規定學生必須就兩大領域擇一修習，目的在讓學生瞭解課程設計的方向，依興趣及能力修習，培養核心能力。

研究所以培育運用資訊整合能力來進行海洋環境相關研究之人才為目標，海洋相關的論文方向十分樣化，因此碩士班一般生的必修科目僅規定海洋學2學分及環境資料分析2學分，碩士在職專班僅海洋學2學分，博士班則無必修課，但非海洋相關科系畢業者，必須加修碩士班之海洋學。

碩士在職專班成立於93年，目的在提供對海洋相關知識有實務需求的單位（如海巡署、氣象局及環保署等）之相關人員及中小學教師或有興趣的社會人士在職進修的管道，期望能對他們目前的工作有所助益，提升整個國家社會對的海洋環境的了解。"