本系之前身臺灣省立海事專科學校輪機科，創立於民國四十二年。 先後於民國五十三年升格為臺灣省立海洋學院輪機學系， 民國六十二年改為輪機工程學系， 民國六十八年改制為國立臺灣海洋學院輪機工程學系。 而於民國七十四年本校成立技術體制內的相關科系之後，本系改名為船舶機械工程學系。 民國八十一年設立船舶機械工程研究所碩士班。 民國八十四年改名為機械與輪機工程學系、所。

民國九十三年八月一日改名為目前的機械與機電工程學系，並於民國九十七年設立博士班。 宗旨 本系的教學宗旨為傳授學生機械與機電工程與相關科技之專業知識，使其畢業時具有解決工程問題之實務與創新能力和前瞻視野，且能信守工程倫理具有獨立之判斷與研發能力，在實際工作後成為優秀的工程人才。 title 教育目標 專業知識與核心能力： 培養學生具備機械與機電工程與相關科技之專業知識。 培養學生具備發掘、分析及處理工程問題之能力。 培養學生具備實驗設計與執行之實作能力，以及分析與解讀數據之能力。 培養學生具備工程元件與系統設計之能力。 培養學生具備製程、工程規劃與整合之能力。 工程倫理： 培養學生具備團隊合作之精神，以及表達溝通、及領導與管理之能力。

培養學生認識工程師之專業倫理以及對於相關專業之社會責任。 前瞻視野： 培養學生認識當今機械與機電工程之先進科技，並培養持續學習之習慣與能力。 培養學生瞭解工程科技對於社會與環境之影響。 培養學生具備宏觀之國際視野，認識時事議題與未來應努力改善之方向。 title 未來展望 本學系一直隨著產業結構的變化及新興科技的發展，調整教學目標及進行學系（所）之學習領域整合。近年來，朝著機電整合、自動化工程、精密量測與加工及微機電系統等方向規劃，亦即整合電子、資訊、電腦、電機、光電及控制等科技，應用於機械領域。

因此，除了修習一般機械之基礎課程外，先進的光機電產業所需之技術與知識亦可在學校課程中習得，不至於與現今高科技產業脫節。另為提升教學的深度及廣度，本學系與本校其他理工相關系所共同開設具整合性及前瞻性的跨院系學程，例如「奈微米科技」、「機電整合與控制」、「電子商務」等學程供學生選讀，以培育學生具跨領域專長及整合科技的能力。"