本學系於民國48年創設時原名「造船工程學系」，是臺灣培養船舶科技人才歷史最悠久的科系。系統工程是連結各領域之主要媒介，並可透過「系統思考」及「系統方法」架構一完整知識系統，將原本相互獨立的知識轉換成幫助決策選擇之方案。造船設計所需考慮之系統不下數百個，各系統間之匹配整合，常需應用到系統工程之擇優規劃技術。

加以現今工業界晉用工程人員，對系統整合知識能力之要求甚殷，有鑑於此，乃將造船工程學系順理成章地於民國八十八年更名為「系統工程暨造船學系」，以期培育之人才更廣泛符合時代需求。為因應高級人才需求，於民國81年設立研究所碩士班，民國87年設立博士班，目標在培育機電與自動化系統、熱流系統、結構系統、船舶工程系統相關工程專業研究人才，以及訓練各專業工程系統介面整合之研發人才。