本系成立於1974年

並於1987年成立碩士班

1991年大學部成立雙班

1992年成立博士班

2003年成立友邦專業人士水產養殖管理碩士班（並於2005年更名為國際水產科學暨資源管理碩博士班）

1974 本學系成立

1987 碩士班成立，養殖溫室完工

1991大學部成立雙班

1992 博士班成立

1999 臨海生物教學實習場完工

2003 友邦專業人士水產養殖管理碩士班成立（2005擴大招生並更名為國際水產科學暨資源管理碩博士班）

2006 成立水產品檢驗中心（2007擴大功能並更名為水產品產銷履歷驗證暨檢驗中心）

2007 臨海生物教學實習場完成改建，並更名為水生動物實驗中心

2011 新系館完工，並完成搬遷