本系於民國42年成立臺灣省立海事專科學校，為創校三系（駕駛科、輪機科、漁撈科）之一

民國53年本校升格為臺灣省立海洋學院，同時本系改名輪機學系（夜間部亦同時成立）

民國56年專修班第一期招生。（專修班共辦兩期） ‧ 民國62年本系奉准改為輪機工程學系

民國68年改制為國立臺灣海洋學院輪機工程學系

民國74年原輪機工程學系分為船舶機械工程學系與輪機工程技術系兩系，輪機工程技術系成立技職體系，增設二年制輪機工程技術系一班（招收海專與工專等相關科系畢業生）。夜間部同時停招

民國78年本校由國立臺灣海洋學院改制為國立臺灣海洋大學，本系改為輪機技術系

民國80年招收二年制輪機技術系二班（招收海專畢業生一班與工專機械、電機、電子等相關科畢業生一班）

民國82年增設四年制一班，改名輪機工程技術系。（招收高職畢業生）

民國87年調整為輪機工程系

民國90年成立輪機工程系碩士班

民國94年輪機工程系分設輪機動力組與能源應用組。（招收一班高中畢業生與一班高職畢業生） ‧

民國95年調整為輪機工程學系

民國97年成立輪機工程學系博士班

民國100年增設輪機工程學系碩士在職專班

民國101年增設輪機工程學系學士後輪機學位學程

民國111年分組整併為輪機工程學系(兩班/年級)

民國112年增設輪機工程學系進修學士專班

宗旨 結合動力與能源科技，致力於輪機系統的教學、研究及服務，並培育其研發、設計、製造、運作及維護的專業人才。 未來展望 影響著現在經濟發展的重要因素就是環保，節能減碳的觀念也已由學界的呼籲到政府的重視，更進一步到產業界的落實，而輪機工程也以其能源轉換及應用技術的基礎，投入相關之能源與環保專業知識，朝綠色能源之應用與開發