1998年10月29日本校通過設立由陳玉峰教授主導籌設之生態學研究所案。
1999年7月17日生態學研究籌設案獲董事會同意，隨即正式向教育部申請。
2000年4月17日教育部來函同意本校籌設生態學研究所碩士班。
2001年8月1日，招收生態學研究所碩士班第一屆研究生十名。
2002年3月14日開工興建方濟樓（臺灣生態暨人文資訊館），2003年10月2日落成，共耗資120，149，360元。為興建方濟樓，陳玉峰教授向社會各界募款資助30，000，000元，其中陳教授個人更售屋捐贈5，224，325元，其美行值得本系長久紀念。
2003年增設生態學系學士班，同年8月1日開始招收第一屆學生。
2007年7月陳玉峰教授離職，挽留不成，殊為可惜。
2008年設立「聖方濟講座」，10月28日邀請美國環境倫理家Holmes Rolston III開幕演講。
2010年因應教育部2009年評鑑意見，重新擬定系之宗旨、教育目標、課程架構，在國內重生態環境科學而輕人文涵養的現況下，本系確立「以探究與生態有關之思想、倫理、文化、教育等學術領域為宗旨，在生態科學之基礎上培養有人文科學訓練及涵養的學生，以參與臺灣生態文化之建構，並為本地環境保護運動提供學術助益」之辦學宗旨，並決定更名為「生態人文學系」（Department of Ecological Humanities）。
2011年教育部來文告知本系更名獲准。
2012年8月1日本系正式更名為「生態人文學系」，朝實現生態人文理想前進。