華崗創辦人張其昀博士，有鑑於自然科學的發展，實以物理學為基礎。因此於民國60年秋設立本系，敦聘劉海北博士出任首屆系主任。民國62年秋禮聘國際知名物理學家戴運軌博士出任系主任，擘劃經營，精心釐訂課程，多方延聘教，授擴充圖書及實驗儀器設備。

64年秋，敦請張聰明先生代理系主任，66~67年由周玉暮女士出任系主任，增購圖書，於安穩中求進步，使本系更加茁壯踏實。73年，由老瑞澄教授接掌系主任，特重課程安排與實用，遂使系務蒸蒸日上。在各任系主任的領導與全體師生的努力下，雖成立時間並不長，然一切規章制度、師資陣容、圖書與實驗設備已執校內各系之牛耳，78年，更聘黃信健先生任系主任，102年正式更名為光電物理系，103年更聘程思誠先生任系主任，面對嶄新的未來，本系發展更上層樓是可預期的。

本系施教方針，除注重養成高尚品德，研究高深學問，培植專門人才，以促進國家科學發展為宗旨外，並注重基本課程，以奠定學生將來理工方面作高深研究之基礎；第三、四學年則修習較高深的課程。學生可按志趣選修，並在課堂中鼓勵學生涉獵書籍期刊，參與實作展示，務使理論與實習並重，訓練學生手腦並用，培養專門人才。

此外，本系一向致力於應用光學之發展，近年來在學校的大力支持下善用教育補助款，硬體設備已頗具規模，而學生在兼顧理論與實作的慎密訓練下，已能獨立操作，奠定良好的光電科技基礎，在多次國際光電大展中均有優異表現，未來將近一步訓練學生獨立研究及處理問題的能力。