民國64年，為考慮學生就業之需，且配合課程整體之規畫，獲教育部核准更名為「合作經濟學系」；自此，學系即以「合作事業」、「經濟實務」、「經營管理」三大領域作為發展主軸。

民國73年8月，臺灣省政府合作事業管理處為提昇國內合作社場經營之能力，邀請本系與國內相關合作團體，簽訂培訓合約，成立「臺灣省合作事業研習中心」，培訓合作社場理事、監事等領導人員，以及經理、會計等專業人員。至民國87年底，累計辦理講習班486班，調訓學員19，231人；研習班62班，調訓學員3，127人；研究班41班，調訓學員1，569人；專業學員集訓班26班，調訓學員1，624人；合計辦理班數615班，調訓學員25，551人，堪稱國際「合作事業教育」典範。

民國86年，學校為配合教育部之「推廣教育」政策實施，基於校務整體發展考量，將本系夜間部規畫成進修教育學士班，每年仍招生1班60名。

近年，鑒於國內外合作事業發展漸次重視經營與管理等問題，同時，為落實教育部之「終身教育」與「回流教育」政策，學系開始進行轉型，朝管理領域發展。民國87年起，經教育部核准，分別在新營、田中、臺南與校本部開設「商業經營管理」學分班，廣招合作界以外之社會人士修習。至民國89年2月止，已開出129科目次，計3，743人次修習，深受各地區肯定，並為本系轉型奠定了穩定的基礎。此外，為加強經營管理之學術研究，本系專任教師於民國89年7月共同出版《合作經營與管理》乙書，供國內合作社場參閱，亦先後接受政府委託，辦理無數次學術研討會配合學系轉型。

轉型中，本系始終專注合作事業之特殊屬性，一方面強調社場的經營績效，另方面凸顯社場的民主管理，亦即以「經濟屬性」與「社會屬性」作為研究合作事業之基本內涵；換言之，在「效率」、「公平」追求下，儘量教導社場做到「不以營利為目的」之經營圭臬。為配合上述要求，課程設計除已趨向經營管理類外，另增設社會學、教育心理學等必選修科目。

隨著國人經濟力的提昇，以及社會多元化的發展，非營利事業(學校、醫院、社團、宗教、基金會等)正在國內迅速發展，無論就業人口、經營業務、服務對象與資金規模均有相當的重要性。本系為了擴大學術交流、協助國內非營利事業增強經營管理能力、增加學生就業管道，目前已規畫將既有的教育資源投入尚待研究的非營利事業部門，做更有效的學術發展。民國89年5月，本系與本校保險學系共同成立「非營利合作金融保險組織研究室」，另網羅統計學系、會計學系、企業管理學系、財務金融學系教授，深入探討非營利事業之金融與保險等問題。

民國105年本系奉教育部核准更名為「合作經濟暨社會事業經營學系」，社會事業包括合作事業與非營利事業。合作事業係「不以營利為目的」的經濟事業，與「非營利事業」具有相同的經營理念，惟在組織結構與制度規範仍有差異，若將合作事業與非營利事業相互結合，必有利雙方之學術研究與事業發展，強化本系未來之發展。日後，本系將在「非營利合作金融保險組織研究室」基礎上為社會福利事業貢獻所能，讓學系資源為經濟弱者共享。