91年8月運動醫學系設立
91年8月至94年7月創系系主任及入學生： 第一任系主任為張文正，任期為民國91年8月至94年7月。同年8月份招收第一屆入學生25名，隸屬於醫學院。
94年8月至95年7月吳鴻文老師代理系主任： 原系主任接任教務長，仍擔任本系專任教師，改由吳鴻文老師代理系主任一年，任期由民國94年8月至95年7月 ，至此本系已有五屆入學生。
95年8月至96年7月張文正老師接任系主任： 創系系主任張文正於民國95年8月至96年7月接任系主任，民國95年6月第一屆入學生畢業，本系改隸屬於健康照護學院。
96年8月至97年7月王慧如老師代理系主任，著手準備系所評鑑事宜。
97年8月至103年7月王慧如老師，真除代理系主任一職接任系主任至103年7月。
103年8月至106年7月馮逸卿教授接任系主任，任期至106年7月。
106年8月至107年7月何宗融教授接任系主任。
107年8月至107年10月8日王慧如老師代理系主任。
107年10月9日至108年4月25日陳賢德老師代理系主任。
108年4月26日～迄今陳賢德老師系主任。