本系辦學特色為融貫中西醫藥兩大系統，擁有全國最完整的中藥藥學教育體系為基礎，並採取藥學學術理論與實務相互融合之教學方式，因應目前與未來社會需求與整體經濟發展趨勢。

學士班：確立本學系學生系統性知識與專業能力之建立，以培育學生成為符合現代社會藥事需求之專業人才。

碩士班：中西醫藥之基礎研究與課程學習，培育符合藥學領域之研究人才。

博士班：中西醫藥之創新研究與分子藥學之應用發展，培育高級藥學領域之專門研究人才或師資。