醫學系於民國47年(1958年)奉准成立，成立之初名為「醫科」，除與其他醫學院同系知課程相同外，另加授中醫課程102個學分，俾期中西醫學對照。

民國55年本校另設中醫學科(及今之中醫學系)，招收中醫學生加重中醫課程。將原來醫科學生的中醫課程酌減至56個學分，以期符合中西醫學一元化相輔並進之原則。

民國61年，教育部頒佈新制大學醫學院必修學分課目表，本系即遵照將醫科知名稱改為醫學系。並把中醫課程擇精摘要選出內科學、外科學及針灸科學等23個學分做為輔系必修課程。本系原有解剖學科、生理學科、生化學科、微生物免疫學科、寄生蟲學科及病理學科等基礎醫學學科，於民國67年8月成立藥理學科、89年8月成立社會醫學科。

民國90年，配合先進國家醫學教育趨勢，醫學系採取革命性的教育改革，包含：
一、二年級為預醫科，將原在二年級的解剖學、組織學移到三年級，一二年級加強通識及醫學人文課程。
三~五年級醫學專業課程採用以器官為單位的整合課程。
採用美加式的PBL(problem-based learning)學習法。PBL是融入整合課程的大堂上課之間，即hybrid方式。
加入clinical skills，以訓練學生診斷疾病的能力。基於教育改革的創新，於91年6月「醫學系教改元年」創刊號出版，記載了本校醫學教育的改革。

民國94年，本校醫學系醫學教育改革推動第二波教改，主要內容包含：
減少必修學分及調整中醫學分，增加選修課程，使學生自己有教大幅度選擇的空間。
調整基礎醫學的整合教學，加強基礎與臨床醫學的整合。
提早接觸臨床(early clinical experience)。
加入醫師專業精神、溝通及實證醫學課程。
2007年起五、六年級學生製附設醫院實施clerkship，以實作小組照顧團隊方式、以病人為中心的學習，學習臨床醫學。