國立清華大學化學系成立於民國55年，最初僅設大學部，後於民國57及63年陸續成立研究所碩士班及博士班。大學部的課程設計重點在於給予學生堅實的化學學科基礎，並鼓勵同學們拓展自己在其他學科領域的知識。在研究所的課程方面，我們強調的則是學生必須要能保持不斷的學習新知及實驗想法的精神，以期呈現出創新的研究成果。

本系新館於民國82年夏天落成啟用，可使用面積共達13，300平方公尺，館內設有現代化的教學、研究實驗、教室及老師、學生辦公室。館內並設置有多部系上及貴重儀器中心之大型共用儀器。 除了新館的空間之外，還有化學二館可供教學、研究及儀器設置。另外並設有一功能齊全之化學圖書館，訂有國內外重要化學期刊及雜誌，提供師生們閱讀。

目前系所共聘有27位專任教授、5位合聘教授、1位兼任教授和4位教學助理及博士後研究員30人。系上所有的教授都有經常性的研究計畫專案，同時致力於學術研究，定期或不定期的發表論文及研究成果於知名期刊。在過去的五年之間，本系教授總共發表了超過759篇學術研究論文，並獲得了平均高達3.8的點數(Impact Factor)，表現傑出可見一般。本系一向秉持教學與研究並重的優良傳統，平均每年在國內外知名期刊共發表150篇學術論文。本系研究成果之傑出也反應在教授們每年獲頒的獎項之上；大部分的本系教授皆得過國科會、中國化學會、教育部及清華大學所頒發的傑出研究獎。