本研究所之課程規劃分為基礎與專業兩方面，基礎課程包括：科技英文、生理學、醫工數學、醫工導論以及書報討論。這些課程是從事生物醫學工程研究必備的基礎能力。

專業課程則是結合系上研究專長相近的老師所開授的課程進行規劃，可分成四大類:

一、生醫電子類：生醫光機電系統導論、醫用電子學、醫用電漿技術、醫用光學儀器、生醫微系統、醫用儀表設計、醫用電子系統設計

二、生醫資訊類：數位影像處理、數位訊號處理、醫學影像原理、生理訊號之臨床應用、分子生物影像處理、物聯網醫學應用、核子醫學影像。

三、生醫材料與細胞組織類：生物接枝技術、藥物劑型與遞送、生物材料導論、骨科生醫材料、組織工程、中醫藥生物科技、奈米醫學概論、藥用化妝品學、臨床皮膚工程。

四、生醫應用類：醫用生物技術、透析生物醫學工程、生醫科技經營與管理、實驗設計、神經外科醫療器材、步態生物力學臨床應用、醫學物理講座、動物細胞培養技術。

一、生物醫學工程是融合生物醫學及工程科學之跨領域整合性科技，隨著人口高齡化，醫療服務的需求越大，生物醫學工程被國際公認為最具發展潛力的行業之一，也是我國近期發展5+2 產業的重點項目。

二、師資涵蓋生醫材料、組織工程、奈米醫學、神經科學、醫學影像、生醫資訊、醫用儀表、生醫訊號、生醫光學、生醫感測等專長，且與教學醫院及相關產業進行密切合作。

三、特色合作學程：本所國家衛生研究院合辦「精準醫工碩士班合作學程」（由雙方共同指導本系研究生，培育醫學工程與奈米醫藥創新技術研究人才）。並與時碩工業股份有限公司簽署「高等人才培養碩士產業學程」（提供實習機會，落實產學鏈結、學用合一），均提供豐富獎助學金。