高雄醫大學生物學系之設立，於民國七十九年十月九日獲教育部核定准予籌備，八十年八月一日正式於本校濟世大樓九樓成立。並於八十學年度招收首屆一般新生五十名，八十三學年起增收推薦甄選甄試新生五名，八十四年第一屆畢業生四十五名，至今已有二十幾屆畢業生。九十四年招收第一屆碩士班。

本系已於九十二年正式更名為生物醫學暨環境生物學系，並搬遷至第一教學大樓九樓，共有六間教師共用實驗室，十五間教師研究室，1間生物醫學核心教學實驗教室。

本系目前專任師資計有教授4位、副教授8位、助理教授3位、助教1位、技佐1位，各類學門之專業教師將會依需要陸續延聘。另外，各種教學及研究儀器材也在不斷增購以提升教學及研究素質。生物學涵蓋範圍廣泛，小由微生物，大至整個生態系的研究皆包含其內。隨著科技的進步，生物學的應用，已日漸受到重視而逐步拓展，生物醫學技術上的日益突破，正是最好的說明。生物學系在本校悠久臨床經驗與深厚教學基礎孕育下，將結合基礎科學研究與臨床醫學技術，以生命科學作為本系發展之重點與方向。課程設計除了一般大學生物系的基礎課程外，並著重於生物醫學、環境生物學及生物科技三方面。

本學系隸屬於生命科學院，本校創校至今已設立完善的醫學、牙醫、藥學、醫技、復健、護理、公共衛生、心理、醫社、化學各系及相關研究所，以現有的師資設備，配合本校醫學特色，將可提供完善的研究環境。此外，本校圖書館的藏書豐富，現有之中、西文期刊計二千多種，另有電腦光碟及國際線上檢索系統，可以查詢最新資訊。而本系亦加強與國內外生物學、生命科學等學術機構之交流，藉以迅速獲得相關學術資訊，促進本系之快速發展。