大學部課程以經濟理論、數量方法為主，應用理論、實務課程及其他商學課程為輔，培養學生就業與繼續升學所需之專業技能。是全臺灣唯一聘有多位全職專任助教的經濟系，輔導學生課業與生活上問題。必修課程都配有輔導助教。除正式課程外，搭配多樣化的學習活動，包括股票投資模擬競賽、期貨與選擇權投資模擬競賽、資料分析競賽、世界經濟展望競賽、大學生論文比賽、外匯模擬交易競賽，讓學生能將課程中的學習應用在實際的分析中。安排多門全英語授課課程，讓學生自由選擇；開設校外實習課程，讓學生有機會將所學專業知識應用於職場，探索自己的職涯興趣，熟悉職場倫理；並規劃海外移地教學課程，擴展學生國際視野。

為培育具有卓越研究能力之人才，碩、博士班之課程設計以建立進階經濟理論基礎，同時強化經濟模型建構、數量分析及資訊能力，配合多樣性的經濟專業課程。並邀請經濟學界國內外大師級學者至本系擔任講座與客座教授。近年來，在碩士與碩專班更強化資料分析與資訊化課程，透過開設程式語言學習與網路結合，訓練學生撰寫模型與分析，以實際資料實證分析，提升學生之經濟、金融與財務實證分析能力。而博士班更在經濟專業訓練外，也鼓勵與教師學習合作進行學術論文研究，進而發表論文，以提升博士生學術發表能力。

研究標的

經濟學系教師研究領域多樣化，包括：如生產力與效率、總體與國際金融、區域經濟學、勞動與教育經濟學、賽局與實驗經濟學、旅遊經濟、個體計量應用、財務經濟等，尤其2014年Elsevier Research Intelligence評比東吳大學經濟系為「全球效率分析研究第三名」。