本系配合校內外學術及產業資源，培育學生具備深厚學理基礎、倫理素養、領導力、產業前瞻視野、團隊合作力、勇於挑戰、創新力與突破力等生技產業實務能力之生物科技菁英領導人才，在「需求趨動科技創新，加速產業升級」的新思維，具體貢獻於世界生技研發及產業發展。 本系特色在於整合與加乘效益(Integrated Approach and Synergism)，以整合研究與產業應用為主體，著重科學基礎之硬科學外，同時培養了解產業需求思維之全新科系。本系強調理、工、醫、管或電資等基礎知識的背景訓練，引導學生深入認識生物科技基礎與專業內涵，也學習產業需求分析與思維，使其未來可進入新興整合性生物科技研究或產業。

本系的教學與研究融入產業分析、科技創新管理與行銷，培養學術與產業之介面人才。核心課程範疇涵蓋有生物科學、分子生物學、生物化學、生物統計學、基因體學、生物資訊學、生物工程、生物物理化學、產業分析、科技創新管理、智慧財產等；發展重點包括兩大產業學群 (農業及海洋生物科技產業學群、生物醫學科技產業學群)，面對未來世界趨勢所需。

國立成功大學因應配合教育部推廣之「生技產業創新創業人才培訓計畫」，發展生技產學實務教學，開設農業與醫藥生技關鍵技術及跨領域生技課程，培育實際應用、符合市場需求與生技創新及創業為核心的生技關鍵技術跨領域人才。行政院2010年前瞻農業產業科技策略會議中，臺灣經濟研究院報告指出臺灣最具產業發展影響力的前五大議題為

(1) 建立石斑魚、蝦等重要水產品種之優質種苗量產技術

(2) 建立畜禽及水產動物傳染病快速診斷系統

(3) 建全農漁牧產品安全檢測、認證與履歷追蹤管理系統

(4) 強化適合熱帶與亞熱帶之優質種苗生產技術

(5) 開發高效、省工、安全之設施與技術，應用於農事作業及農產加工。

在醫藥生技領域，依據於2007年發佈生技新藥產業發展條例，並於2013修正臺灣生技產業起飛行動方案。其中藥品開發、醫療器材與醫療服務為發展重點之一，而推動重點項目為

(1) 提升國內轉譯醫學研究之研發能量及基礎建設

(2) 健全專利智財管理，並促進產學合作及國際合作機會

(3) 協調相關法規，加速臨床試驗進行及藥品審核

目前本系兩大學群的研究團隊已在多項研究及產業議題中，已具有國際領導地位。因此在初期發展階段，本系特結合雛具模式的重點發展之生物科技為模式，結合生物科技相關基礎課程、生技產學實務，農業與醫藥生技關鍵技術及跨領域生技等課程，結合本校內具有之堅實理、工、醫、電資、管理及社科教研基礎及良好跨領域學程，厚植生技三創(創新、創意、創業)人才培育為目標。在中程發展階段中，本系將朝向結合企業或新興產業的永續發展能力為目標，並完備課程及訓練模組，讓本系畢業學生成為國內最具紮實生物科學訓練、跨領域實力、了解產業需求、具整合能力且能與尖端研究結合的產業創新創業實務人才。而在未來的長程發展階段，將以能培育出決策並帶動國家生技發展及具創造新興產業的人才為目標，以期本系能成為亞洲甚至是世界級的生物科技產業人才的培育重鎮。