目前本系有兩大發展重點：

重點一：心智神經科學
大腦不僅是個人思考、認知、情緒等活動的生理基礎、更牽動了人類文明演進的歷程。隨著腦顯像技術的突破，心理學家透過若干非侵入式的儀器（如腦電波儀、功能性磁振造影等），突破了觀察大腦思考與認知運作活動的限制與障礙。隨著腦部心智活動探索的實現，世界先進國家陸續成立腦顯像實驗室，吸引大量的科學家（心理學家、神經科學家、臨床研究人員）與研究團隊投入，以提升人類生活品質與生命幸福。
在科技部人文社會司的推動、與本系的主導下，國立成功大學設立了跨領域心智影像研究中心，整合中、南、東臺灣近二十所學校百位之社會人文、生物醫學、影像工程、統計分析等專家，投入腦與心智神經科學的教學與研究。本系多位認知神經科學的老師不僅協助此一跨領域研究中心的重要事務，並開發「認知神經科學」、「情緒神經科學」、「老化神經科學」等研究領域。此外，本系也已購置多套的先進腦訊號測量儀器，與臺大、政大、臺師大專家共同進行心智運作機制之探討。最後，在課程方面，也透過必修與選修科目的規劃，長期培育腦科學相關之心理學人才。

重點二：應用心理學
除了大腦活動之外，心智發展與人我互動、情境脈絡、文化表徵有密不可分的連結，因此，心智神經科學的探索，亦必須落實到各種生活應用與實務場域中，方能達成促進生活品質與生命幸福的使命。而本系五大領域的老師，一方面透過基礎理論之實務應用探索、另一方面將心智神經科學研究連結生活應用議題，以擴展心理學的實踐與貢獻。前者包括，與工程、業界跨領域合作研發開發應用產品、運用心理計量知識於精神醫學、臨床心理學的檢定與診斷、提供社區小學/幼稚園兒童發展評鑑與繪本導讀服務、企業人才甄選與職場健康提升方案合作、結合認知科技與人因設計等。此外，在上述實務行動與應用探索中，釐清「文化」普同性與特殊性，建構具本土文化意涵的知識與技術，讓心理系的師生在各專業領域，能夠發揮最貼近真實存在的社會影響力。
在心智神經科學之應用議題方面，進行「健康神經科學」、「社會神經科學」、「神經經濟學」、「神經教育學」等議題之功能性磁振造影（functional Magnetic Resonance Imaging， fMRI）研究；利用近紅外光腦光譜儀（Near-infrared spectroscopy， NIRS）進行社會腦神經的探討，包含心智理論（Theory of mind，TOM）與幽默感、性別與合作競爭、神經回饋介入訓練等高等認知或互動的研究。最後，本系積極開設應用相關課程，包含：認知科技與設計、認知科學與電影、視覺人因設計、文化與認知神經科學、視覺思考與資訊視覺化設計、健康工程、工商心理學、藝術心理學等，期待透過教育與研究來培育下一代應用心理學人才。