國立成功大學交通管理科學系創立於中華民國44年，當時屬臺灣省立工學院。民國63年8月系名由交通管理系更改為交通管理科學系，民國65年8月設置夜間部，民國66年8月增設研究所碩士班，民國77年增設博士班，民國90年增設電信管理研究所碩士班。

本系原名為交通管理學系，以甲組招生，民國55年曾一度改為丁組，至民國63年更改系名為「交通管理科學系」恢復為甲組招生，民國63年新制大專聯考實施後，本系列為第二類組之科系。

研究所原名為交通工程及管理研究所，民國67年8月有鑑於國內對交通建設之規劃與管理人才的日益需要，更改所名為「交通管理科學研究所」，為國家、社會培育交通運輸之管理與規劃專才。