有鑑於電機工程對於國家發展之日趨重要，國立中興大學於民國八十一年成立電機工程學系大學部，敦請清華大學電機系黃惠良教授為第一屆系主任。成立之初，以原農業機械學系之空間為電機系館。
民國八十四年，貢中元教授接任系主任。
民國八十五年，電機系研究所碩士班成立並開始招生。
民國八十七年，地上九層、地下一層之電機新館破土開工，預計民國八十九年完工。
民國八十八年，開辦「碩士學程在職進修專班」。
民國八十九年，電機新館落成，馬代駿教授接任系主任，且經Avant!總裁徐建國捐贈成立孟堯晶片中心。
民國九十年，遷入新系館，並且成立研究所博士班與大學部第二班，同年楊谷章教授接任系主任。
民國九十三年，蘇武昌教授接任系主任。
民國九十四年，開辦產業研發碩士專班。
民國九十五年，成立通訊工程研究所及光電工程研究所，同年張振豪教授接任系主任。
民國九十六年，成立電機系諮詢委員會和電機系系友會，同年通過IEET工程及科技教育認證。
民國九十七年，林俊良教授接任系主任，同年與日本豐田工業大學(Toyota Technological Institute)合設碩士雙聯學制與共同課程。
民國九十八年，成立光電所中科碩專班。
民國九十九年，與德國The University of Applied Sciences Darmstadt簽訂合作協議。
民國一百年，碩士班李乾鼎、黃名毅、裴希佳取得本校與日本豐田工業大學雙聯學制碩士學位證書。
民國101年， 成立光電半導體製程中心。