中興大學的前身是臺灣省立農學院，於民國43年與美國密西根州立大學合作，增建校舍、擴充設備，並創立新的科系，當年因需要開設基礎化學科目及所需的班次增加，而原有之農業化學系教師，對於化學相關的部份科目均非專業，故另增設化學系，以應所需。民國45年植化館(與植物系共用)落成，乃於當年正式宣告成立，開始招生。民國50年7月臺灣省立農學院改制為臺灣省立中興大學，化學系乃隸屬於新成立之理工學院。民國60年8月省立中興大學又改制為國立中興大學，化學系仍隸屬於理工學院。民國77年理工學院分立為理學院及工學院，化學系乃隸屬於理學院。民國76年8月化學研究所成立，開始招收碩士班學生，翌年新建化學館第一期工程完成，研究、教學設備陸續遷入新系館中；此外，國科會中部貴重儀器中心亦開始進駐本系。民國79年，本系爭取到國科會中部化學圖書中心的設置，民國八十四年化學館八樓建築完工、民國八十五年博士班成立。至今國立中興大學化學系所已發展成為臺灣地區一流的化學教育與研究重鎮。