臺灣本土教育的長期空白，在近年的民主化、本土化的潮流下，逐漸使本土教育成為國家的重要教育政策。教育部亦因應民間文教團體的呼籲，積極鼓勵大學成立本土文化學門的系所。本系前身「臺灣文化及語言文學研究所」於2002年2月由莊萬壽教授商請姚榮松教授、許俊雅教授共同擬定計畫書提出申請，同年7月獲教育部同意設置。2002年11月28日「臺灣文化及語言文學研究所籌備處」成立，由莊萬壽教授擔任籌備處主任。2003年3月開始辦理招生，招收碩士班研究生，8月1日「臺灣文化及語言文學研究所」正式成立，莊萬壽教授轉調本系專任教授兼所長。

2006年本系成立「在職進修碩士學位專班—臺灣研究及母語教師班」，提供在職教師以及母語支援教師進修，2016年於完成階段性任務後停招。2008年本系成立博士班，向上延展臺灣研究；2009年申請增設學士班，並於2011年起招收學士生，向下紮根，同時整併博士班、碩士班、碩士在職專班及學士班為「臺灣語文學系」，期以完整一貫之學制，兼顧教學與研究、理論與實務，為臺灣研究培育更多新血。

歷年來本系分別由莊萬壽、姚榮松、李勤岸、林芳玫、林巾力、許慧如老師接管系務，在歷任所長與系主任的帶領與經營之下，積極增聘教師，使本系師資陣容越趨多元。現有專任教師包括林芳玫、林淑慧、陳龍廷、賀安娟、林巾力、許慧如教授、莊佳穎、陳玉箴、曾秀萍副教授以及劉承賢、呂美親助理教授、王桂蘭約聘講師，教師專長涵蓋臺灣文化及語言文學各領域。