西元1895年，臺灣病院於臺大醫院舊址處(明石町)成立。1896年6月改稱臺北病院。1897年4月設立「醫學講習所」(臺大醫學院前身)開始招生授課，1899年成立臺灣總督府醫學校於東門町，原醫學講習所學生，分別收進醫學校本科二年級生及一年級生，因此，醫學校設立時已有本科二年、一年及預科共三個年級的學生，並於修業年限屆滿後畢業；當時，臺灣的高等學校多半以日本人居多，臺籍學生一般很少，而醫學是比較不受限制的。因此，臺灣早年的知識份子多半為醫師。1919年醫學校改制為臺灣總督府醫學專門學校，1927年改稱臺北醫學專門學校，1928年臺北帝國大學創校，創立之初並未設醫學部。在1936年成立臺北帝國大學醫學部，並將原臺北醫學專門學校改制為臺北帝國大學附屬醫學專門部。臺北帝國大學醫學部在醫學的領域中有相當的地位，在當時的日本僅次於東京帝大及京都帝大。著名的校友有李鎮源先生，杜聰明先生，其中杜先生還是臺北帝大時代唯一的臺籍教授，後來是高雄醫學院的首任院長。

二次世界大戰結束，臺灣光復，政府於1945年11月15日接收臺北帝國大學並更名為國立臺灣大學，醫學部改稱醫學院，僅設醫科，為四年制的教育；附屬醫學專門部停止招生。民國38年後改為七年制，招收高中畢業生。西元1973年起醫科更名為醫學系。西元1982-1985曾招收過學士後醫學系的學生。西元2000年12月正式成立醫學系辦公室，負責醫學系的系務、招生、學生事務及教學協調，強化對學生的照顧，並協助醫學系教育改革的持續推展。98學年度起大學考試分發入學停止招收醫學系公費生，改由行政院衛生署(後改制為衛生福利部)公費生原住民及離島地區醫事人員養成計畫辦理醫學系公費生甄試分發入學。102學年度起醫學生修業年限改為六年。