本系於民國八十年成立，原名為食品衛生科（二專部），主要以培育食品衛生管理專長之人才。民國八十八年本校改制為技術學院，食品衛生系同時設立，開辦二技日間部及二技進修部。八十九學年度起，本系招收四技日間部及四技進修推廣部。為配合國內外食品產業的現況及未來的發展趨勢，本系自九十學年改名為食品科學系，計有二技、四技的日間部及進修部等學制。九十五學年度本校改名為科技大學，本系編入健康科學學院，同學年度二技日間部及進修部停招。九十七學年度成立「應用保健食品研究所」。九十八學年度更名為「食品科學研究所」。