生物科技產業是本世紀的明星產業，近幾年來，與其他科技大國相仿，我國對生物科技的進步與人才培育也極為重視，以期協助臺灣生物科技產業發展。因此，從先前的「國家八大科技發展重點」與「國家兩兆雙星計畫」開始，政府逐年投入大筆經費支援生技產業，並鼓勵大學院校培育生物科技人才。

有鑑於此，本校早於民國九十二年設立「生物技術系」，招收第一屆碩士班，成為本校第一個生物科技相關的系所。94年學年度正式招收第一屆大學日間部與進修部學生各一班。97學年度起，大學日間部學生增設為二班；100學年度改名為「生物科技系」。之後，進修部學生由於學制與學時的限制，修業過程中缺乏專題與實習的實作經驗，所訓練的畢業生逐漸與產業界的期待不符，因此隔年 （101學年度） 本系決定停招大學進修部學生。鑒於臺灣各大藥廠、生技廠等缺乏製劑製造人才的問題，103學年度奉教育部核准更名為「生物科技暨製藥技術系」。