本系所創立於民國57年(機械工程科)，並陸續於72年起創立夜二專，78年創立日二專汽修組，80年再增設日二專製造組，88年創立日二技及夜二技，90年起招收四技生，91年成立機械工程研究所碩士班，並在96年成立研究所在職專班。本系所自創立以來，歷年屢獲教育部評鑑為『一等』，並通過『工程及科技教育(IEET)認證』與國際接軌，此外更於2010年榮獲「遠見雜誌－2011年熱門研究所指南專刊」專訪並推薦為技職院校機械學群研究所中之『特色與示範研究所』。

本系所目前學制有：機械工程研究所碩士班、研究所在職專班、大學部日四技、進修部夜四技以及二技在職專班與二專在職專班等。專業科目專任教師共有26人(教授10人，副教授7人，助理教授4人，講師5人)，其中擁有博士學位16人，具助理教授以上資格者21人，師資優異且充裕。設備方面，擁有17間教學實驗室及2所研發中心，教學與實驗設備十分充足精良。課程設計則兼顧升學與技能之培養，並規劃出「材料製程」、「精密製造」、「節能廠務」等三個專業選修課程模組，以及銜接職場之「就業學程」與「校外實習」課程。另外，為提升研究素質，配合產業脈動，本系所除了每年有多件國科會計畫、專利發明與國際發明獎之外，更與國內各產業界有多項產學合作案之進行，以提升學生之就業競爭力。

本研究所為南臺灣地區機械專業教學及研究單位之一，成立於民國 91 年，配合現代工業發展致力於最新技術之研究，憑藉著傲人的師資與教學研究設備，儼然為工業中堅人才之培育中心。由於遠東科技大學為最鄰近臺南科學園區之大專院校之一，對於目前科技產業的需求特別敏感，本所目前擁有多個研發中心與尖端實驗室，可以提供最佳之研究環境與學習空間，為兼具理論與實務之研究單位。