資訊工程系成立源於本校有見於國內外資訊產業的蓬勃發展、 人才需求日益增加， 由工學院院長方俊雄教授帶領電子系楊正宏、 陳昭和及電機系黃文祥、 梁廷宇等四位教授共同籌備， 希望藉由合聘的方式將本校電機、 電子系資工背景的教師結合起來， 讓本校為資訊產業培育出更多的優秀人才。 本系目前聘有九位具備國內外生物醫學、 資訊工程相關領域博士學位之專任教師， 分別教授多元化課程以符合學生的學習需求。

民國94年本系獲教育部核准通過設立。
民國94年本系正式招收大學部四年制1班。
民國96年本系增設碩士班1班。
民國96年本系增設網通資訊產業研發碩士專班(秋季班) 1 班。
民國99年本系增設網通資訊暨軟體發展產業研發碩士專班(秋季班) 1 班。
民國101年本系獲准成立「 碩士在職專班」， 每年招收16名研究生。

本系成立宗旨在於培育具有「 國際化」、「 專業化」、「 即用化」、「 全人化」 的優質資訊科技人才， 供應國家資訊產業發展所需之人力。