本系自80年成立至今已邁入20多個年頭，現有學士、碩士、博士等完整一貫學制。自94年起由於全球製造業興起，突顯生產及運輸管理議題之重要性，故成立「全球運籌管理研究所」，擴大工業工程學術應用與研究領域。另早在87年開始，即與多所醫事單位及醫事管理機構進行醫事管理專案研究，隨著老年人口增加，健康照護逐漸成為重要之社福議題，於96年成立「健康產業管理研究所」。後由於二技學生來源漸趨轉少，在學校政策導引下於96年同步停招二技，並調整四技變更為雙班。102年8月報請教育部核定通過整併系所更名為「工業工程與管理系」（含碩士班、博士班，碩士班分工業工程組、運籌與供應鏈管理組及健康產業管理在職專班）。108年 工業工程與管理碩士班 （工業工程組、運籌與供應鏈管理組）取消學籍分組。