資訊工程研究所創立於1999年8月1日，創立之初主要師資由電機、電子及資管系資工相關背景的教授所組成。隨後資訊工程系成立於2001年8月1日，招收二年制及四年制學生，正式成為電資學院中的一員。研究所方面，除了一般的研究所資訊工程碩士及博士學位外，為達產學兩方面更緊密的結合，自2001年起開始招收碩士在職專班，提供業界實務人才培育的環境。
本系以培養理論與實務並重的資訊工程專才為目標。系的發展特色可以概括為網路多媒體、人工智慧及資訊安全等三大重點研究領域。這些領域的研究成果在研究論文發表及產學合作上多次獲得榮譽獎項，同時也獲得國家頂尖研究中心，電信國家級計畫等大型研究計畫的補助，為國內結合理論與實務的研究重鎮之一，學生在此環境下得到優良的受教機會。
此外，本系注重與國內外其他相關系所的合作關係。為達成國際化及提升國際合作，本系目前正積極推動英語授課，近年來也獲得與美國卡內基美隆、柏克萊等名校共同執行大型研究計畫的經驗。在新進教師聘任方面，本系有著一貫嚴格的聘任標準；另一方面也配合著優異的研究環境與獎學金的提供，吸引優秀學生就讀。本著年輕系所的優勢、一流的教學研究設備，配合相關產業潮流，本系每年持續增進整體的研究能量。由於基礎訓練的紮實和工作態度的認真，畢業校友歷來均名列各項企業界喜愛人才指標的前茅。展望未來，本系將在既有的優異基礎上更上層樓，培育更多資訊工業人才，也為國際資訊工程學界提供相當之貢獻。