1.食品相關可利用生物 資源調查及應用基礎。
2.食品化學、食品加工及食品微生物等相關產業生產及研發的能力。
3.食品衛生安全管理及檢驗分析的能力。
4.食品分析檢驗及微生物技術檢驗能力
5.食品專業整合能力

本系創立於民國86年，為本校最早成立學系之一，原名食品工程科，93年改稱食品科學系，並在100學年度成立食品科學系碩士班。本系所依據辦學之實際情況與社會需求，以及設立宗旨，同時參照校、院訂定之教育目標、基本素養與核心能力，訂定本系教育目標與核心能力，並據此規劃、設計課程，以使教育目標、核心能力與課程能相互對應。

本系所的教育目標如下：

學士班

(一) 訓練可應用原物料及生物資源的調查能力。
(二) 培養食品科學相關技術。
(三) 培育食品經營管理者的專業知識。
(四) 養成多元與持續的學習熱忱，正確的工作倫理及責任感。

碩士班

(一) 加強食品科學相關之進階專業知識。
(二) 培養創新思考、邏輯分析及獨立研究作業能力。
(三) 訓練溝通協調整合的領導能力。
(四) 加強拓展語文表達能力及拓展國際視野。

本校雖地處離島，有地理上的先天限制，但本系教師善用各自專長的領域，帶領學生逐步充實食品專業能力所必備的知能與技術，地方政府也常挹注可觀的經費，在協助充實教學設備、場所及研究費用上功不可沒，也促進本系的永續發展。

本系更善用寒暑假期間，安排學生至國內各大食品企業或政府機關實習與參訪，協助學生擴增產業視野，激發學生學習動力與及早立定就業志向，為將來的順利就業預作準備。本系教師與地方產業互動頻繁，每年皆為本系爭取可觀的研究經費，除可協助地方產業技術升級，更提供本系學生實質參與技術研發的寶貴機會，達到學用合一的學習效果，並累積未來的就業潛力。

定期邀請產業、學生代表與校外學者專家參與各種會議討論與專題演講，定期進行畢業生流向調查，隨時檢視課程方針與教學效果，來達成培養食品專才與促進就業的永續目標。