本系於83年10月16日慈濟醫學院創校時成立，秉持創辦人證嚴法師「無緣大慈，同體大悲」與「慈悲喜捨」之精神，以培養具有慈悲喜捨精神，醫術精良，尊重生命，以人為本之良醫作為本系成立之宗旨。期望培養悲天憫人，視病如親的醫護人才，提升與促進臺灣東部的醫療資源與醫學教育，不僅守護東臺灣人民的健康、更以增進全民健康福祉為目標。

89年8月1日更名為「慈濟大學」，目前除了有醫學院之外，尚包括生命科學院、人文社會學院及教育傳播學院。慈濟大學自97學年度開始連續獲得教育部「教學卓越計畫」獎助，全面性的進行教學和學生學習的紮根工作，辦學績效獲得肯定。我們期許能開創具有慈濟人文特色、實踐慈濟精神的醫學教育，希望締造兼具創新、人文與卓越品質的慈濟醫學教育。