本系由本校原「分子生物及細胞生物研究所」和「人類遺傳學研究所」合併師資及設備，並增設大學部組成。由於二所之性質相近，長期以來二所相互支援，設備共享，為了解決先前二所師資增聘不易，各自招考分散生源的情況，於是經二所所務會議達成共識並經校務會議通過呈報教育部同意後於民國97年8月合併為「分子生物暨人類遺傳學系(所)」，合併後有效整合二所教學、研究資源並強化師資陣容。