多媒體動畫藝術研究所成立於2000年，另自2003年起，成立多媒體動畫藝術學系（ 學士班 ），為本校第一個系所合一之學系暨研究所，同時亦將多媒體動畫藝術研究所更名為「多媒體動畫藝術學系碩士班」，是國內最早成立之多媒體動畫與藝術專業結合的研究所。後因數位藝術多元化及專業性等考量，本系自2011年起，將「多媒體動畫藝術學系碩士班」從原有一班兩類（ 動畫類及多媒體類 ）正式分為兩班（ 動畫藝術碩士班及新媒體藝術碩士班 ），讓數位藝術更加發揚光大。