本系之教育目標為「培育具備基礎及臨床醫學之專業素養，培育具備具有關懷鄉土及樂於參與偏鄉醫療服務，培育具備人道關懷及服務社會熱忱，培育具備國際宏觀視野及終身學習能力」。 為配合教育目標的達成，及基於學系設立宗旨，本系具有培養公費醫師的任務，希望有志於參與偏鄉醫療服務及關懷鄉土的學生一同加入。