物理治療學系於民國89年由醫務管理學系系主任黃維民博士開始申請籌設，同年8月聘請兩位具物理治療專業之博士師資：廖文炫博士及余南瑩博士共同參與策劃。經過兩年積極的籌劃準備，於民國91年9月正式招收新生，由廖文炫博士擔任第一屆系主任，同年8月李新民博士加入物理治療專業師資陣容。本系為繼臺大、中山醫大、陽明醫大、高雄醫大、成大、中國醫大及長庚大學後，國內第八所於大學中設置之物理治療學系。

92年起，本系陸續有游家源博士、陳建良博士、黃文妮博士、林惠婷博士、邱秀靜博士加入，使本系在四大專科教學上開始具有完備的師資陣容，並隨各教師專長在教學及研究領域發展出獨特的物理治療內涵。

本系在理工、電資學院豐厚的師資支援下，與同屬醫學院之各科系(醫務管理學系、護理學系、醫學影像暨放射技術學系、生物科技學系、職能治療學系、健康管理學系、醫學營養學系、生物醫學工程學系)共榮發展，設計出融合多學門的物理治療專業教育課程，並共同設立醫學學群第一個學程（高齡社會健康照護學程）。

配合鄰近的義大醫院在臨床、研究上密切互動，發展出立足南臺灣，成為全國獨具特色，培育專業物理治療師之搖籃。本系並配合社區化、老年化、體育休閒等國際趨勢，將長期照護及運動休閒療養訂定為發展特色之一，將協助畢業生建立更健全、多元之物理治療服務網及國際觀。在歷任的系主任 (余南瑩博士和李新民博士)帶領及全體師生的努力之下，本系順利通過第一週期(96年)和第二週期(102年)的大專系所評鑑。