為培養德學兼備且具有人文學養的佛教弘化及學術專業人才，華梵大學佛教學院佛教學系的設立，乃傳承創辦人曉雲導師自1970年起，創設蓮華學佛園與華梵佛學研究所的辦學宗旨與精神。更以臺灣第一所由佛教人士所創立綜合性大學的優勢，提供佛教理論與實修、傳統與現代密切配合的教育，並有心理諮商及輔導、心靈治療、生命關懷、佛教寺院法規與管理等跨領域的多元學程供學生選修。 本院自民國九十七年創立，於第一年先設立佛教學系（畢業所獲學位：佛教學學士/英文名稱：Bachelor of  Arts in Buddhism），以後將陸續設立其他佛教各科專修學系。佛教學系成績優異學生，可於本校各人文、藝術與資訊、科技學系攻讀輔系、雙學士學位，或透過「學、碩士五年一貫學位辦法」就讀本校各研究所，未來更可申請直升本校東方人文思想研究所博士班，以最短的修業時間，完成學、碩、博士的完整佛教教育。

本校已與日本四天王寺大學及英、美、澳、韓等大學締結姊妹校，可滿足出國深造的需求。為邁向國際化的目標，作為前瞻性的佈局。前董事長修慈法師並於2007年簽署聯合國「曼谷宣言」，加強與八十多所國際佛教大學與國際佛教組織的交流與合作。 佛教學院承繼本校創辦人曉雲導師「覺之教育」理念，創建於民國97年，院唯一系，設大學部，獨立招生。首任院長暨系主任為熊琬教授，任期四年，屆齡退休，奠定學系的發展方向與系務基礎。101學年，文學院郭朝順院長兼代佛學院院長與李治華主任持續推動系務發展，101-2學期本系開始加入本校教學卓越計畫，又推動成立系友會。102-103學年改由朱建民校長兼代佛學院院長，李主任積極推動教卓：大幅革新必修課程結構、開設產學系列課程、畢業專題製作適性分流、接連舉辦學生競賽活動，教卓成果顯然可見。 "