本系所的教學目標依大學部、碩士班、碩士在職專班及博士班等不同學制，分別簡述如下：

1. 大學部方面，著重於培養學生瞭解企業的運作、具備管理的素養以及運用資訊科技進行實作的能力，因此課程的規劃亦以企業組織、管理概念以及資訊系統開發與運用為最重要的主軸，其中特別強調管理和技術的平衡。

2. 碩士班方面，強調培養做基礎研究的能力，以期能夠為企業或組織找出運作上的問題，並能尋求使用資訊科技的解決方法，所以會著重訓練學生運用資訊科技來管理企業組織的運作，並進一步能應用所學或所驗證的相關理論來整合資訊科技及商業管理知識，最終目的在協助企業提昇效率及創造競爭的優勢。另有醫療資訊管理碩士班，除了須具備上述能力之外，還必須充實醫療的領域知識，以期能夠處理解決醫療機構裏的資訊科技與管理議題。這兩個碩士班學制所特別強調的是找出問題以及運用資訊科技解決問題的能力。

3. 碩士在職專班，目標在培養學生具備綜覽企業或組織運作之視野與能力，以期能夠善加運用資訊科技來提升管理效能，全面創造企業或組織的資訊化環境，並進而主導企業或組織未來的發展方向，因此在職專班所特別強調的是充實各階主管的資訊與管理素養。

4. 博士班，目標在培育優秀的研究人才與資管師資，使其具有國際觀、具備從事資訊科技與管理教育的能力，並能夠獨立進行資訊管理相關的學術研究。訓練的重點包括如何發掘資訊管理與科技相關的研究議題，如何探索問題發生的原因，如何找出技術面及管理面的解決方法，除了發展新的技術之外，也探討這些問題對個人及組織的衝擊。

以管理(Management)M，創新(Innovation)I及科技(Technology)T為核心，將中正資管建立成全國資管學術研究及教學的標竿系所。