本系採系所合一，設有大學部、日間教育心理與輔導碩士班、夜間社區諮商與教育碩士在職專班。其中｢教育心理與輔導｣日間碩士班（心輔所）成立最早，係由本校（時為屏東師範學院）「初等教育學系」（現教育學系）提出系所調整案，於民國87學年正式成立，為本校最早成立的研究所之一，亦為臺灣最早成立的教育心理與輔導研究所之一。當時心輔所的三位教授係由初等教育學系兩位具心理背景及一位具輔導諮商背景的老師轉任。隔年，民國88學年，教育心理與輔導所增設夜間輔導教學碩士班，提供國小教師提升輔導知能的進修管道。之後，為因應社會對國小專業輔導老師的需求（民國90年心理師法正式公布實施），90學年度本校再次由當時的初等教育學系提出調整案，將其中大學部的一班（輔導組）轉型為「教育心理與輔導學系」四年制的大學部，同時，該系具教育心理及輔導諮商背景的教師也一併轉任至心輔系。此時，本系正式走向系所合一，完整的包含四年制的大學部、日間碩士班及夜間碩士班。之後，由於國小輔導教師已有正式的培育管道，且為了回應社會對社區終身輔導人才及終身學習教育人才的殷切需求，本系於105學年停招夜間輔導教學碩士班，將其調整為社區諮商與教育碩士在職專班，招生對象從國小教師擴及至社區現職或未來對助人工作感興趣的人士，針對在地族群及社區的需求，提供諮商與輔導、教育及推廣人才的培育。

本系各學制在發展的過程中，亦持續根據大學人才培育功能、校務發展與目標、國家產業人才需求、外部評鑑結果，及內外利害關係人的建議，歷經數次調整。其中，大學部從設系一開始的全師資培育學系（具少數公費生名額），至後期受少子化衝擊、師培市場萎縮，以及本校於94年從師培大學轉型為一般綜合大學，為鼓勵學生朝多元的方向發展，本系於98學年調整為師培與非師培雙軌制。爾後，為配合本系更廣泛的朝學校及社區教育及諮商的方向發展，並落實在地化的理念，本系於102學年再次轉型為全非師資培育學系（但提供國小輔導專長加註課程），同年也在學校設置社區諮商中心（103年，原屏東教育大學與屏東商業技術學院整併為目前的屏東大學，涵蓋高教、教育及技職三個體系）。而日間碩士班，在心理師法通過後，為強化諮商輔導及教育心理兩個專業領域人才的培育，於93學年起分「教育心理」及「諮商與輔導」二組招生，學生在兩組共同必選修課程之外，各自修習該組的專業課程，但可依論文主題跨組選論文指導老師。當時的夜間輔導教學碩士班亦於95學年起分「教育心理」與「諮商與輔導」二組招生；之後，為符應國家終身學習的政策，同時也為落實本系強調的在地化理念，夜間教學碩士班於105學年轉型為社區諮商與教育碩士在職專班。專班採不分組招生，其課程及學生論文指導均由本系諮商輔導、教育心理及方法領域的老師共同負責。

回顧本系的發展，從師培，走向半師培，再走向非師培；從培育學校教師，擴及至培育社區專業、半專業助人與教育工作者；服務的對象，也從兒童與青少年，擴及至成人及高齡者；服務的群體，更從學生，擴及至不同族群，以落實本系及本校在地化的核心理念，並善盡大學培育人才的社會責任。