自民國90年心理師法公佈以來，一般民眾對於身心健康的維護已有所認識。社會大眾也能找尋心理諮詢機構協助，但長期的諮商服務需要更多的專業諮商師，非一般半專業生命線人員所能勝任，基於這些背景，乃是本校成立諮商與輔導學系的主要原因。「諮商與輔導學系」原隸屬於教育系之下的輔導組，於大三開設輔導組的選修，該組成立於民國76年，由於課程時間及自由選修的限制，無法提供更豐富的選修與專業課程，以滿足諮商與輔導所需專業標準的人才，組內教師具備多年的諮商輔導教學經驗，足以擔任諮商輔導學系的專業知識與技巧課程。因此，為有效的發揮教學團隊更大的功能，92學年度首先於教育學系開設碩士班。93學年度本校改制為臺南大學，為能將資源做更有效的統合與應用，反應社會對於諮商輔導工作的需求，更獨立設系向下延伸到大學部，遂於95學年度正式成立諮商與輔導學系。本學系在具有特色的師資陣容基石上，發揮組織的特色，辦理具有特色的研習活動，以增加全系師生的專業知能，並藉由辦理學術性活動，與專業團體有更多的學術交流，提升專業水準。整體而言，由於獨立成系，有完整體的碩士、學士班學生，有利於系統性的規劃與訓練，以培育未來更優質的諮商與輔導專業人員。