一個人的心理健康不只帶來個人的幸福，也帶來充滿創意與貢獻的人生。反之，心理問題則是許多疾病的根源，消耗個人、家庭乃至社會的成本。臺灣社會幾經急速變化，已造成各種社會亂象與日益增多的心理問題。耶穌會朱秉欣神父有感於臺灣各家醫院精神科、各層級校園輔導室、以及各種治療中心之心理專業人員嚴重不足，而於1993年在輔大醫學院，繼護理系和公衛系之後，又創立心理復健學系（Department of Mental Rehabilitation），目的在於培育臨床工作中，所需之心理診斷與心理治療專才，以使醫療品質更臻完善，進而積極促進與維護全民之心理衛生。

本系秉持天主教大學的使命及校訓真善美慎所欲傳遞的人文關懷、犧牲奉獻及靈命修養等助人專業者不可或缺的高貴情操而創設，不僅具前瞻性也符合社會發展之需求，同時也充分反映本校重視個人身心靈全體之健康。

改系名
本系成立十年後，是值臨床心理師證照制度立法通過，有感於訓練臨床心理師之重要，且本系課程規劃以及系所目標越來越偏向臨床心理學，因此為了使系所名稱與本系的目標理念更名實相符，本系全體師生在進行數次正名座談會並取得共識後，於2004年8月起改名為「臨床心理學系」。

成立碩士班
心理學界歷經數年之努力，已於2001年10月31日完成臨床心理師證照制度之立法程序，心理師的專業終於獲得認可並擁有自行開業的機會，國人從此也可以獲得有品質且專業的心理服務。
但臺灣目前每十萬人口僅有2、3位臨床心理師為其服務，顯然比例過低，足見臨床心理學在國內是一個蓄勢待發、極具發展潛力的學門。心理師法明文規定，應考者必須具有碩士學位才有報考臨床心理師的資格。
秉持培訓專業心理師的目標與理念，本系於2003年8月成立碩士班，為有志成為專業心理師者提供豐富的學習機會。碩士班課程規劃乃銜接著大學部課程，以彰顯本系特色，目的為進一步發展臨床心理學的專業訓練，強化研究生應有的研究能力，並藉由各種治療理論之介紹與演練機會，配合紮實的臨床實習與督導，培育學生基本的助人素養與方法，以奠定未來實務工作或繼續深造的良好基礎。碩士班畢業生將可取得臨床心理師的應考資格，通過專技高考之後，可在精神醫療院所或其他助人機構服務，服務兩年後，可依法自行執業。