生物醫學工程系為新興工程科系，本系主要之教育目的為培養優秀醫學工程人才。生物醫學工程係利用科學及工程專業知識，針對生物及醫學領域的問題來進行系統性的分析、設計、製造及解決，以達到對臨床診斷、治療、照護及日常健康管理提供全面性的革新與改良。
選擇進入生物醫學工程領域的學生需具備完善的基礎科學與工程知識，擁有服務人群的熱忱，以增進人類福祉為目標。一位專業的生物醫學工程師在日常工作中，會與其他醫療專業人員，如醫師、護理師、治療師、檢驗師等密切合作，並以團隊的方式針對社會大眾提供完善的健康照護及醫療服務。我們期望本系的畢業生均具備完整的知識與專業技術，並能靈活應用於解決生物醫學及醫療照護的問題。
■ 1984年成立國內第一所醫學工程研究所碩士班。

■ 1991年成立國內第一所醫學工程研究所博士班。

■ 2007年奉准成立大學部

■ 2009年（98學年度）正式招生，為國立大學第一個創設之醫工系。

■ 2010年（99學年度）系所合一，正式更名為「生物醫學工程學系」。