東吳大學於大陸時期即設有會計學系，1951年在臺復校時，初設商學會計科，1954年正式更名為會計學系，為國內創辦最早的會計學系。1973年成立會計學研究所，為國內最早設立的會計學研究所之一，並在1994年配合教育部系所合一政策，正式更名為東吳大學會計學系碩士班。1999年為配合政府終身學習政策，提供會計實務界高階主管的進修管道，特成立碩士在職專班。現今學士班每年招收四班，在校生逾千人，歷屆畢業系友已逾1萬3千人；碩士班與碩士在職專班，在校生百餘人，歷屆畢業已獲碩士學位者已逾千餘人，堪稱國內歷史最悠久，造就會計人才最多之會計學府。

本系之設立宗旨為「培養敬業樂群的會計專業人才」，為秉持與落實此一宗旨，本系之教育目標包括：（1）建構理論與實務兼備之專業核心知識；（2）重視跨領域之科際整合；（3）養成專業倫理與樂群精神。本系在培育會計專業人才方面，一直不遺餘力，秉持教學嚴謹、質量並重的宗旨，在師生共同努力下，歷屆系友在各行各業中之傑出表現，倍受社會各界讚譽。

本系之畢業生均能100%就業。由於本系為國際四大會計師事務所搶人才的重要焦點，故多數欲進入會計師事務所工作之學生，在大四上學期即已透過校園徵才取得就業合約。同時，本系多年來也已累計培育無數菁英，透過高普考進入公職體系並擔任重要職位。許多學生選擇至民間企業擔任財務與會計人員，也都有相當優秀的成果。透過多年的耕耘，本系之畢業生在職場上已建立起綿密的校友網路。選擇繼續進修深造的學生也有十分亮眼的表現，每年申請或考取國內外研究所的學生約有百餘人次。每年會計師之錄取人數，皆為各大專院校之翹楚。