本系創立於民國54年，為全國創立最早之多元化系所，民國68年成立工程科學研究所碩士班，民國82年成立工程科學研究所博士班，並於民國88年增設碩士學程在職進修專班，以協助業界培育系統整合之高科技人才，在民國88年整合為工程科學系簡稱為工科系。本系宗旨在培育具有電控、資訊、力學奈米生醫及量子學科，以系統觀點處理問題之工程師及研究人員，目標為國家培育未來產業發展之高科技人才，系所四十餘年來已培育超過無數優秀學生，依本系教育宗旨與特色，制定了工程科學系教育目標。

教育目標一：培育整合電學、力學及資訊之基本知能，教導學生基本理論的應用與分析等能力，使能在多元化的專業領域中持續發展與學習，並使其具備創新之潛能。
教育目標二：養成系統分析模擬與實作及創新之基本能力，訓練學生於不同領域技術進行系統整合分析，並培養學生間相互合作及有效溝通，協力處裡問題的能力，創造團隊發揮優勢。
教育目標三：增進學生博雅素養與國際視野，教導學生多元思考之能力以符合現今多元化社會，並培養專業倫理意識及瞭解自我之社會責任。建立學生持續學習觀念，擴展國際視野，使其能具備適應環境變遷能力。

本系具備電控、資訊、力學奈米生醫及量子研究之基礎知識，以後再依所需專精或走向系統整合。因此本系畢業生的就業範圍甚廣，其中以電子、電機、資訊及量子科技為主，而以系統整合最具專長，學生必需具備資訊工程、控制工程及應用力學三方面的基礎知識，進而選擇其中領域為其專長或兼備上述三領域的科技整合專長。