本系成立於民國三十六年，原名為「農業經濟學系」，民國四十六年成立該領域全國第一個碩士班，民國六十五年又成立博士班。農經學系與農經研究所復於80學年度合併。並於90學年度成立農業經濟碩士在職專班。農經系所的設立宗旨為「教學與研究並重」的原則，延攬優秀學者任教，因應國家社會長遠之需要， 培養高級農經專業人才。現任系主任為張國益教授 (歷屆系主任名單)。

為順應「社會競爭環境變遷」及配合「貿易自由化與全球化的趨勢」，本系設定「促進國際接軌能力與機會」、「培育經濟發展與競爭所需的經濟應用人才」、「協助政府重要經濟政策研討與推動」三大教育目標，自91學年度（2002年8月）起，正式更名為「應用經濟學系」(包含碩士在職專班)，並在新的定位下進行 大規模的實質調整，包括研究發展領域與專長、教授課程結構與內容、授課師資充實與進修、以及教學方式與設備的改進等各方面，予以檢討及配套性調整。

為期使本系培育之人才和研究之品質與成果，能充分符合時代的潮流與社會的需要。自100學年度起調整教育目標為：「培育具一般產業、農業、資源與環境 之經濟專業知識，兼備整合、創新能力及國際觀之應用經濟人才」，並於103學年度協助本校農資學院成立跨院及跨系所之「農業經濟與行銷碩士學位學程」。 大學部每年招收52人，碩士班每年招收16人，碩專班每年招收16人，博士班每年招收5人。"