本系於日據時代稱為農業化學科，業經農業化學系及食品化學工程學系之更名。1974年由食品化學工程學系改名食品科學系。為順應時代潮流及拓展研究方向，於2005年8月更名為食品暨應用生物科技學系。溯至其前身農業化學系農產製造組已有五十多年歷史，為中興大學歷史最悠久的學系之一。

食品科學為一具理論基礎之應用科學，其研究領域相當廣泛，本系教學共分為食品加工工程、保健營養與食品化學、食品微生物與生物技術等三大研究群，分別針對其教學領域開設相關課程以提供大學部及研究生修課，以增進其學識教育。除大學部外，本系並提供碩士及博士班之課程；前者始於1980年，而後者始於1986年。

在硬體設備方面，本系設有系館食品暨生物科技大樓及食品加工實習工廠，提供先進的教學器材及研究設備，教師群之研究範圍廣闊而且與時並進，分別函蓋有食品加工及工程、食品化學及分析、保健營養及食品化學、食品微生物及生物技術等多項研究領域；而實習工廠部分則主要提供學生加工食品與酒類產品之製造技術訓練。

國立中興大學食品暨應用生物科技學系是國內唯一具有食品科學完整專業訓練的國立大學，具備完善的師資陣容及教學設備，提供學生在各個食品科技領域上充實的知識及技能，在師生共同努力下，在國內外學術界或產業界，均獲致相當輝煌的成果。

本系培養食品科學技術人才以配合國家經濟建設之發展，傳授食品有關知識及應用。培養學生具獨立研究能力之食品科技研究發展所需高級人才。各研究室即依此理念而設立，目前擁有二十個研究室從事基礎及應用方面之研究。