化學工程學系成立於民國八十二年並開始招收大學部學生，而後於八十六年及八十九年陸續成立碩、博士班。八十八年正式啟用建坪二仟餘坪之系館，配合建構完善之研究教學空間，及研究人才逐漸成長。目前擁有專任教師共十八位，助教﹑技佐﹑技工各一位。

近年來國內之化學工業，因為國際競爭快速、產業外移及國人對環境保育之重視而邁向轉型期。有鑑於此，本系發展將配合研究教學趨勢及產業需求導向為目標。除研究領域及教學課程重視基礎化學工程知識外，並強調尖端材料與精密製程、生醫與生化工程及高分子與奈米科技之發展與應用，以達成符合現代化的化學工程學系。本系亦設立各發展重點之專屬教學實驗室，期使本系畢業生成為領導未來化學工業升級的先鋒。

本系教師每年獲得國科會與產業界四仟多萬元的研究經費，更積極參與各學系內及校系間的整合型研究計劃並擴大與產業界之交流，在生化及生醫工程方面，借重本校農學與生命科學二學院的優良傳統，以發展精緻農業、健康食品與醫藥生物技術；在高分子與奈米科技方面，以精密分子設計與高分子科學及工程為骨幹，開發新產品及新型複合材料；在尖端材料與精密製程方面，著重於新型化工材料之研發與應用，並結合新穎化工製造程序，提高產能及降低生產成本，並致力於降低廢棄物排放與污染防治之研究，再藉由電腦製程模擬與設計技術，開發最適化製造程序。