學士班
1.學術研究與論文寫作：
認識學術研究的本質、目的與其產生知識之意義，學習如何進行報告及學術論文寫作，包括如認識研究問題、研究目的、文獻查詢與回顧、研究方法與論文格式……等。
2.基礎的宗教比較分析能力：
認識除佛教外世界五大宗教（猶太教、基督宗教、伊斯蘭教、印度教與道教）創教主、基本聖典、基本歷史與基本教義。
3.基礎佛教教義與主要佛教學派之思想教義與修行：
認識初期佛教基本教義以及佛教歷史發展中產生的教義，包括部派佛教、印度大乘佛教、與漢傳佛教重要宗派思想，並且學習如何對思想教義進行哲學分析與獨立評析思維（critical thinking），認識重要佛教修行理論與方法。
4.佛教歷史以及歷史學分析能力：
認識佛教歷史與分析探索促使歷史發展與變遷之因素，包括思想史與社會史。
認識佛教歷史書寫之文獻（例如律藏、《異部宗輪論》、《大史》、《島史》、《高僧傳》、《大唐西域記》、《佛祖統紀》、《布頓西藏佛教史》等等）
5.解讀與闡釋經典之能力：
學習經典語言包括梵語、巴利語、佛教漢語、藏語。
學習精讀（close reading）與評析式解讀（critical reading）能力。
認識基礎文獻寫本與版本概念。
6.佛教的倫理道德思辨與佛法社會實踐能力：
認識佛教善惡的意義、辨別判攝善惡的各種原則與善惡之精神。
探索佛法在現代社會應用的各種可能性與挑戰。
7.佛教資訊學
8.畢業呈現：論文寫作形式或佛法應用創作之成果的呈現。
碩士班
1.具備經典語言與學術語言的進階能力。
2.對於相關領域的經典、專題、人物與現代社會的意義，具備基本的詮釋與評析能力。
3.具備在國內學術研討會發表論文或投稿學術期刊的能力。
4.具備禪修素養與弘化能力。
5.具備人文創意、跨領域學習能力。
6.具備安定人心、奉獻社會的學習能力。
博士班
1.具備經典語言與學術語言的進階能力。
2.對於相關領域的經典、專題、人物與現代社會的意義，具備良好的 詮釋與評析能力。
3.具備在國內外學術研討會發表論文或投稿學術期刊的能力。
4.具備國際性禪修教學與交流的經驗與能力。
5.具備人文創意、跨領域論述與研發能力。
6.具備安定人心、淨化社會的關懷與化導能力。