本系於民國95年經教育部核准成立，為國內首創的佛教學系。民國96年開始，招收大學部與研究所英文組學生，兼收台灣學生與國際學生、在家眾與出家僧侶。學生在國際化的環境下學習，有機會開拓視野，培養宏偉的世界觀。研究所英文組全英文授課，也是開風氣之先。
民國101年起成立碩士中文組與國內首創的博士班，建立起最完整的佛學教育體系，知識與生活教育並重，以培養漢傳佛教的研究與教學人才，向國際推展漢傳佛教與現代人間佛教為目的。有如此完整的教育體系，並配合校級佛教研究中心的運作，本系將成為東亞漢傳佛學研究的重鎮。